أنزيم التقييد
| هذه المقالة يتيمة حيث أن عددًا قليلاً من المقالات أو لا مقالات إطلاقًا تصل إليها. ساعد من فضلك بإضافة وصلات في المقالات ذات العلاقة. (يونيو_2011) |
| هذه المقالة بحاجة إلى إعادة كتابة باستخدام التنسيق العام لويكيبيديا، مثل استخدام صيغ الويكي، وإضافة روابط. الرجاء إعادة صياغة المقالة بشكل يتماشى مع دليل تنسيق المقالات. بإمكانك إزالة هذه الرسالة بعد عمل التعديلات اللازمة. وسمت هذا المقالة منذ: يونيو_2011 |
أنزيم القطع
انزيم التقييد أو القطع (أو تقييد نوكلياز الداخلية) هو انزيم يقطع الشريط المزدوج أو الشريط المنفرد في الحمض النووي الدنا في تسلسل نيكليوتيدى محدد تعرف بمواقع القطع اوالتقييد. [1] [2] [3] هذه الانزيمات، وجدت في البكتريا والبكتيريا القديمة، ويعتقد أنها تطورت لتوفير آلية للدفاع ضد الفيروسات الغازية [4] [5] داخل العائل البكتيريى، وتقييد الانزيمات انتقائي لتقطيع الحمض النووي الغريب أو الدخيل في عملية تسمى تقييد أو قطع ؛ أضافة مجموعة الميثيل للحمض النووى دنا العائل هو عن طريق إنزيم تعديل (أميثليز) لحمايته من نشاط انزيم القطع أو التقييد. وأجماليا، هاتان العمليتان يكونا شكل نظام تعديل القطع. [6] ولقطع الحمض النووي، وهو انزيم تقييد يجعل اثنين من الشقوق، مرة واحدة خلال كل العمود الفقري السكر الفوسفات (أي كل فرع) من الحمض النووي المزدوج اللولب.
بعد أكتشاف أول انزيم قاطع أتش أى أن دى اثنان عام 1970 (7) وتبعه اكتشاف الكثير من الانزيمات القاطعة(8) ولقد نال لذلك دانيال ناثان ,ورنر اربر وهاملتون سميث(9)جائزة نوبل في علم وظائف الاعضاء والطب.ولقد أدى هذا الاكتشاف إلى التحول إلى تكنولوجيا الدنا المعاد التوليف(الهجين) والتي سمحت بالتنمية الهائلة وإنتاج الانسولين البشرى لمرضى السكرباستخدام بكتيريا القولون(10).ولقد تم توصيف أكثر من ثلاثة آلاف انزيم قاطع بالتفصيل منهم أكثر من ستة مائة متوافرين تجاريا (11) لتحوير والمعالجة البارعة للحمض النووى دنا في المعامل(12,13,14).
المحتويات
مكان التعرف 5'-GTATAC-3'
3'-CATATG-5'
يقرأ مكان التعرف البالندرومى من الاتجهاهين الامامى والخلفى. وتتعرف انزيمات القطع على التتابع المعين من النيكليوتيدات(2)وتعطى شريط مزدوج من الدنا وتعمل انزيمات القطع وفق نظام يعرف بالسلاسل المتتابعة التطابق أي يمكن قراءة تردد موقع القطع بنفس الاتجاه في كلتا سلسلتى الحامض النووى (ومكونة من اربعة إلى ثمان تتابعات أو ترددات) وتكون مقابلة لللقواعد النيتروجينية التي تقرأ في الاتجاهين(15).ويوجد نوعان من السلاسل المتتابعة التطابق في جزئ الدنا.ومنها التتابع المقروء من الاتجاهين على نفس شريط الحامض النووى دنا(الشريط المنفرد) كما في GTAATG اما التتابع المقلوب فيقرا أيضا من الاتجاهين ويكون موجود في الدنا المكمل (الشريط المزدوج)كما في GTATAC ومن الملاحظ انه مكمل ل GTATAC
CATATG(16).
التكرار المقلوب هو أكثر شيوعا وله أهمية بيولوجية أكبر من مثل مرآة. هضم أيكو ار واحد تنتج قطع ذات نهايات "لزجة"، بينما تنتج انزيمات أخرى قطعا ذات نهايات "عمياء" أو غير لزجة ومنها سما واحد
وتستهدف هذه الانزيمات ترددات اوتتابعات معينة تختلف من انزيم إلى اخرحيث تؤدى إلى قطع الدنا إلى قطع مختلفة في الطول والتتابعات واتجاه الشريط سواء من النهاية الخامسة أو النهاية الثالثة في القطع ذات النهايات اللزجة المتعلقة بالانزيم القاطع المتخصص(17). أنزيمات القطع المختلفة لها مواقع تقييد متشابهة وأماكن قطع مختلفة على نفس التردد أو التتابع وتعرف بغيرتامة التناظر وهناك انزيمات أخرى لها أماكن تقييد مشتركة وتقطع هذه المواقع بنفس المكان وتعرف بتامة التناظر. الأنواع تصنف انزيمات القيد القاطعة الداخلية إلى ثلاثة أو اربع مجموعات عامة (واحد، اثنين وثلاثةعلى أساس تكوينها ومتطلبات المرافق الأنزيمى وطبيعة النيكليوتيدات المستهدفة بمكان القطع في الحامض النووى دنا(18,19,20) وتقسم انزيمات القطع التخصصة إلى اربعة فئات هي :النوع واحد ,اثنين، ثلاثة واربعة. كل الأنواع تميز تتابع معين من النيكليوتيدات على شريط الدنا وتقوم بالقطع لتعطى قطع مزدوجة الشريط على النهاية الفوسفاتية الخامسة.وتعتبر انزيمات القطع مختلفة من حيث مواقع التعرف ومكوناتهاومكان القطع والعوامل المساعدة(21,22) وهى ملخصة كالاتى":
(EC 3.1.21.3) ●النوع الأول انزيمات تقطع في أماكن بعيدة من أماكن التعرف:والتي تحتاج إلى ادينوسين ثلاثى الفوسفات وادينوسيل ميثونين :بروتين متعدد الوظائف ومعه نشاط قطع وميثليز (EC 2.1.1.72) ● النوع الثاني أنزيمات تقطع في أماكن داخل أماكن التعرف أو على مسافة بسيطة منها :والتي تحتاج لعوامل مساعدة مثل ايونات المغنسيوم ووانزيمات قطع ذات وظيفة واحدة ولاتعتمد على الميثليز. (EC 3.1.21.4) ●النوع الثالث انزيمات تقطع في مواقع على بعد مسافة قصبرة من مواقع التعرف وتحتاج إلى ادينوسين ثلاثى الفوسفات (ولكن لاتكسره) وادينوسيل ميثونين لتحفيز التفاعل وممكن لايحتاج اليه ويخرج كجزء معقد مع الميثيليز المتحور.(EC 2.1.1.72).
● النوع الرابع انزيمات تهدف جزئ الدنا المضاف له مجموعة الميثيل. النوع الأول تشمل الانزيمات الأولية المستخلصه من بكتيريا القولون السلالة (ك-12 وب) وتعمل هذه الانزيمات على القطع العشوائى للحامض النووى دنا ولوحظ بأن هذه الانزيمات ترتبط في مواقع القطع ثم تبدا بهدم السلاسل المزدوجة في أتجاه واحد لمسافة تتراوح بين 1000-5000 نيكليوتيد ثم تبدأ بعدها بهدم سلسلة مفردة لمسافة أخرى وبعدها تتوقف عن العمل.والقطع العشوائى للحامض النووى دنا يتبعه ازفاء للحامض مما يجعل هذه الانزيمات هي أيضا المحركات الجزيئية. وتعتبر مواقع القطع غير متماثلة وتتكون من جزئين –جزء يمثل من 3-4 نيكليوتيدات واخر من4-5 نيكليوتيدات مفصولة بفاصل غير محدد من حوالى 6-8 نيكليوتيدات. وهذه الانزيمات لها وظائف متعددة ولها قدرة القيام بأنشطة القطع والتحوير، تبعا لحالة مجموعة الميثيل في جزئ الدنا. تحتاج هذه الانزيمات إلى عوامل مساعدة لأنهاء أنشطتهم كاملة مثل أدينوسيل ميثونين وأدينوسين ثلاثى الفوسفات بالأضافة إلى أيون المغنسيوم.والطراز الأول من الانزيمات القاطعة يحتوى على ثلاث تحت وحدات وتسمى اتش اس دى ار، اتش اس دى ام واتش اس دى اس.بالنسبة للأولى فهى لازمة للقطع ,اما الثانية فهى لازمة لإضافة مجموعات الميثيل لدنا العائل(نشاط ميثيل ترانسفيريز) والثالثة تأتى أهميتها في التخصصية لمعرفة موقع القطع(ربط –الدنا) بالأضافة إلى نشاط القطع (موقع قطع الدنا) والتعديل(ميثيل ترانسفيريز الدنا)(18) (23).
النوع الثاني يظهر تركيب الانزيم القاطع أيكو أر 1 الهمودايميرك(في الشكل الكرتون السماوى الأخضر المخطط) محاط بالشريط الحلزونى المزدوج دنا (الأنابيب البنيه) (24).أثنان من أيونات المغنسيوم الحفاز (واحدة من كل وحدة صغيرة) وتظهر كمجال ارجوانى متصل بموقع القطع في جزئ الدنا عن طريق الانزيم(كما هو مبين كثغرات في العمود الفقرى للحمض النووى دنا). وتختلف أنزيمات القطع النموذجية من الطراز الثاني عن الطراز الأول في اوجه كثيرة منها.أنها ديمر من نوع واحد من الوحيدات :مواقع التعرف غير مقسمة وبالندرومية من 4-8 نيكليوتيدات في الطول، التعرف وقطع الدنا بنفس المكان, وليس لديهم استخدام لأدينوسين ثلاثى الفوسفات أو أدوميت في نشاطهم –ولكن يستخدم الماغنسيوم لديهم كعامل مساعد.(15) وهذه هي الأنزيمات الأكثرشيوعا وأستخداما.وفى عام 1990-وبداية عام 2000 اكتشفت أنزيمات جديدة من هذه العائلة ولكنها لاتتبع جميع المعايير الكلاسيكية لهذه الفئة الأنزيمية. ووضعت تسمية فصيلة جديدة لتقسيم هذه الأسرة الكبيرة إلى فئات فرعية على أساس الانحرافات من الخصائص النموذجية للأنزيمات من النوع الثاني [15]. يتم تعريف هذه المجموعات الفرعية بأضافة حرف لاحق إلى اخر الكلمة.
الطراز الثاني ب من الانزيمات القاطعة (مثل ب سى جى واحد وبى بى اثنين) وهو مالتمرز ويحتوى على أكثر من واحد للوحيدات(15). تقطع هذه الانزيمات جزئ الدنا على كلا جانبى التعرف لتقطع مكان التعرف.تحتاج هذه الانزيمات إلى أدوميثل وأيون الماغنسيوم كعوامل مساعدة.والنوع الثاني من الانزيمات القاطعة هو أثنين أى(مثل أن أيه أي واحد).قطع الدنا هنا يتبعه تفاعل بنسختين من تتابعات التعرف (15).واحدة من مواقع التعرف تعمل كهدف للقطع ,بينما الأخرى فتعمل كعامل منشط تسرع أو تحسن من كفاءة قطع الانزيم.ويعتبر الطراز أثنين أف من الأنزيمات القاطعة المحدد ة (مثل أن جى أو أم آى ڤى) مشابة للطراز أثنين أى من حيث التفاعل بنسختين من تتابعات التعرف ولكن تقطع كلا التتابعات في نفس الوقت(15). الطراز أثنين جى من أنزيمات القطع (ايكو571لديها وحده فرعية واحدة مثل الطراز الثاني الكلاسيكى من الانزيمات القاطعة ولكن يتطلب العامل المساعد أدوميثيل حتى يصبح نشط (15).الطراز أثنين أم من الانزيمات القاطعة مثل دى بى ان واحد تكون قادرة على التعرف والقطع للدنا المضاف اليه مجموعة الميثيل(15).الطراز أثنين أس من الانزيمات القاطعة (مثل أف أو كيه واحد)تقطع الدنا بمسافة معرفة من مواقع التعرف الغير متماثلة وليست بالندرومية(15).هذه الانزيمات من الممكن ان تعمل كديمرات.بالمثل، الطراز أثنين تى من أنزيمات القطع (مثل بى بى يو101 وبى اس أثنين) تتكون من نوعين من وحدات فرعية مختلفة.بعض يميز التسلسل البالندرومى والبعض الاخر يحتوى مواقع تعرف غير متماثلة(15).
النوع الثالث من الانزيمات القاطعة المحددة (مثل أيكو بى 15) تميز نوعين منفصلين من التسلسل اللابالندرومى الموجه عكسيا.وهذه الأنزيمات تقطع جزئ الدنا حوالى 20-30 قاعدة بعد مكان التعرف(25).هذه الانزيمات تحتوى على أكثر من الوحيدات وتحتاج أدو ميثيل وأدينوسين ثلاثى الفوسفات كعوامل مساعدة وذلك لدورهم في أضافة الميثيل للحمض النووى دنا ثم القطع على التوالى(26).
أنزيمات القطع الأصطناعى ممكن الحصول على أنزيمات القطع الأصطناعى بأتحاد الدنا المرتبط بالدومين مع القطع الدومين (غالبا القطع الدومين للطراز أثنين أس من انزيمات القطع أف أو كيه 27).وهذه الانزيمات القاطعة المصنعة تهدف مواقع كبيرة للدنا (تصل إلى 36 بي بي) ومن الممكن هندستها لترتبط بالتردد أو التتابع المرغوب من جزئ الدنا(28).أصابع الزنك القاطعة وهى شائعة الاستخدام كأنزيمات قاطعة مصطنعة وتستخدم عموما في تطبيقات الهندسة الوراثية (29,30,31,32),ولكن ممكن ان تستخدم أيضا لمزيد من التطبيقات القياسية لأستنساخ الجين(33). تستند الانزيماتالقاطعة المصطنعة الأخرى على نطاق الحمض النووي الدنا المرتبط بالدومين تى اية أل الملزم من المستجيبات (34,35).
التسمية أصل تسمية أيكو ار واحد
أختصار معنى وصف
أى أيشريشيا جنس
كو كولاى نوع
أر أر واى 13 سلالة
واحد أول تعريف ترتيب التعريف في البكتيريا
منذ أكتشافها في عام 1970,تم تعريف أكثر من مائة من الأنزيمات القاطعة المختلفة في البكتيريا المختلفة. يرمز
الإنزيم.ويرمز لنوع الكائن بالحرفين الثاني والثالث الأول من اسم بالحرف الإنزيم لجنس الكائن الذي اكتشف فيه من اسم النوع.فمثلا الأنزيم المسمى أيكومأخوذ من البكتيريا أيشرشيا كولاى فالحرف الأول من اسم الأنزيم مأخوذ من اسم جنس البكتيريا أيشريشيا والحرفان الثاني والثالث مأخوذ من اسم نوع البكتيريا كولاى.وأذا كانت البكتيريا تحتوى على البلازميد أو العاث فلابد من أضافة اسم البلازميد أو العاثى إلى اسم الأنزيم.فمثلا في حالة الأنزيم ايكو المشتق من اسم البكتيريا أيشريشيا كولاى فاذا كانت البكتيريا تحتوى على البلازميد ار واحد فان اسم الأنزيم يصبح أيكو أر واحد 13 كما هو موضح بالخانة. ويؤخذ اسم الأنزيم من اسم جنس ,نوع وسلالة البكتيريا المأخوذ منها(36,37).
تطبيقات راجع المقال الرئيسى لهضم المقيدة وتستخدم الأنزيمات القاطعة أو المحددة في التعامل مع الحمض النووي للتطبيقات العلمية المختلفة وتستخدم الأنزيمات القاطعة لمساعدة الأدراج الجينى في الناقلات البلازميد أثناء الأستنساخ الجينى وتجارب التعبير البروتينى. للاستخدام الأمثل، ويتم تعديل البلازميدات التي يشيع استخدامها لاستنساخ الجينات لتشمل سلسلة قصيرة بولنكر(تسمى موقع استنساخ متعدد أو أم سى أس) الغنية في سلاسل التعرف للانزيم القاطع. وهذا يتيح مرونة عند إدراج شظايا الجينات في ناقلات بلازميد؛ مواقع التقييد الوارد بشكل طبيعي داخل الجينات تؤثر في اختيار نوكلياز داخلية لهضم الحمض النووي لأنه من الضروري لتجنب تقييد الحمض النووي في حين يريد قطع عمدا لنهايات الحمض النووي. لاستنساخ الجين في جزء ناقل، وكلا الحمض النووي البلازميد وإدراج الجينات تقطع عادة بأنزيمات التقييد نفسها، ثم لصقها معا وبمساعدة انزيم يعرف باسم الرابط للحمض النووي. [38] [39] ويمكن أيضا لأنزيمات التقييد استخدامها للتمييز بين أليلات الجين على وجه التحديد من خلال التعرف على التغييرات في قاعدة واحدة في الحمض النووي دنا المعروف باسم الطفرة في نيكليوتيدة واحدة (سنب) [40] [41] وهذا ممكن فقط إذا غير السنب موقع القطع الموجودة في الأليل. في هذه الطريقة، يمكن استخدام الإنزيم القاطع لعينة من الحامض النووي الوراثي دنا من دون الحاجة إلى تسلسل الجينات. تهضم أولا العينة بالانزيم القاطع لتوليد شظايا من الحمض النووي، ومن ثم شظايا مختلفة الحجم مفصولةعلى لوح من الجل بالتفريد الكهربى. بشكل عام، الأليلات مع تقييد مواقع التصحيح سوف تولد شريطين مرئية من الحمض النووي دنا على الجل، وتلك مع مواقع التقييد المتغيرة لن يتم قصها وسوف تولد سوى شريط واحد. عددالأشرطة تكشف النمط الجيني موضوع العينة، على سبيل المثال لرسم خرائط التقييد.(بحاجة لمصدر)
بطريقة مماثلة، تستخدم أنزيمات التقييد لهضم الحمض النووي الجيني لتحليل الجينات بواسطة بلوت أو البقعة الجنوبية. هذا الأسلوب يسمح للباحثين لتحديد كيفية نسخ كثيرة (أو بارالوجز) من الجينات الموجودة في الجينوم من فرد واحد، أو عدد الطفرات بالجينات (الأشكال المتعددة) التي وقعت ضمن مجموعة من السكان. ويطلق على سبيل المثال الأخير بتفاوت القطع المحددة المصحوب بطفرة (رفلب) [42].
أمثلة راجع المقال الرئيسي على قائمة مواقع قطع انزيم التقييد. أمثلة من انزيمات التقييد ما يلي : [43] Enzyme أنزيم Source مصدر Recognition Sequence تسلسل التعرف Cut قطع EcoRI Escherichia coli 5'GAATTC 3'CTTAAG 5'---G AATTC---3' 3'---CTTAA G---5' EcoRII Escherichia coli 5'CCWGG 3'GGWCC 5'--- CCWGG---3' 3'---GGWCC ---5' BamHI Bacillus amyloliquefaciens 5'GGATCC 3'CCTAGG 5'---G GATCC---3' 3'---CCTAG G---5' HindIII Haemophilus influenzae 5'AAGCTT 3'TTCGAA 5'---A AGCTT---3' 3'---TTCGA A---5' TaqI Thermus aquaticus 5'TCGA 3'AGCT 5'---T CGA---3' 3'---AGC T---5' NotI Nocardia otitidis 5'GCGGCCGC 3'CGCCGGCG 5'---GC GGCCGC---3' 3'---CGCCGG CG---5' HinfI Haemophilus influenzae 5'GANTCA 3'CTNAGT 5'---G ANTC---3' 3'---CTNA G---5' Sau3A Staphylococcus aureus 5'GATC 3'CTAG 5'--- GATC---3' 3'---CTAG ---5' PovII* Proteus vulgaris 5'CAGCTG 3'GTCGAC 5'---CAG CTG---3' 3'---GTC GAC---5' SmaI* Serratia marcescens 5'CCCGGG 3'GGGCCC 5'---CCC GGG---3' 3'---GGG CCC---5' HaeIII* Haemophilus aegyptius 5'GGCC 3'CCGG 5'---GG CC---3' 3'---CC GG---5' HgaI[44] Haemophilus gallinarum 5'GACGC 3'CTGCG 5'---NN NN---3' 3'---NN NN---5' AluI* Arthrobacter luteus 5'AGCT 3'TCGA 5'---AG CT---3' 3'---TC GA---5' EcoRV* Escherichia coli 5'GATATC 3'CTATAG 5'---GAT ATC---3' 3'---CTA TAG---5' EcoP15I Escherichia coli 5'CAGCAGN25NN 3'GTCGTCN25NN 5'---CAGCAGN25NN ---3' 3'---GTCGTCN25 NN---5' KpnI[45] Klebsiella pneumoniae 5'GGTACC 3'CCATGG 5'---GGTAC C---3' 3'---C CATGG---5' PstI[45] Providencia stuartii 5'CTGCAG 3'GACGTC 5'---CTGCA G---3' 3'---G ACGTC---5' SacI[45] Streptomyces achromogenes 5'GAGCTC 3'CTCGAG 5'---GAGCT C---3' 3'---C TCGAG---5' SalI[45] Streptomyces albus 5'GTCGAC 3'CAGCTG 5'---G TCGAC---3' 3'---CAGCT G---5' ScaI[45] Streptomyces caespitosus 5'AGTACT 3'TCATGA 5'---AGT ACT---3' 3'---TCA TGA---5' SpeI Sphaerotilus natans 5'ACTAGT 3'TGATCA 5'---A CTAGT---3' 3'---TGATC A---5' SphI[45] Streptomyces phaeochromogenes 5'GCATGC 3'CGTACG 5'---GCATG C---3' 3'---C GTACG---5' StuI[46][47] Streptomyces tubercidicus 5'AGGCCT 3'TCCGGA 5'---AGG CCT---3' 3'---TCC GGA---5' XbaI[45] Xanthomonas badrii 5'TCTAGA 3'AGATCT 5'---T CTAGA---3' 3'---AGATC T---5' مفتاح:
- = نهايات حادة
N = C or G أو T أو A W = A أو T
[edit] References 1. ^ Roberts RJ; Murray, Kenneth (November 1976). "Restriction endonucleases". CRC Crit. Rev. Biochem. 4 (2): 123–64. doi:10.3109/10409237609105456. PMID 795607. 2. ^ a b Kessler C, Manta V (August 1990). "Specificity of restriction endonucleases and DNA modification methyltransferases a review (Edition 3)". Gene 92 (1–2): 1–248. doi:10.1016/0378-1119(90)90486-B. PMID 2172084. 3. ^ Pingoud A, Alves J, Geiger R (1993). "Chapter 8: Restriction Enzymes". In Burrell, Michael. Enzymes of Molecular Biology. Methods of Molecular Biology. 16. Totowa, NJ: Humana Press. pp. 107–200. ISBN 0-89603-234-5. 4. ^ Arber W, Linn S (1969). "DNA modification and restriction". Annu. Rev. Biochem. 38: 467–500. doi:10.1146/annurev.bi.38.070169.002343. PMID 4897066. 5. ^ Krüger DH, Bickle TA (September 1983). "Bacteriophage survival: multiple mechanisms for avoiding the deoxyribonucleic acid restriction systems of their hosts". Microbiol. Rev. 47 (3): 345–60. PMC 281580. PMID 6314109. 6. ^ Kobayashi I (September 2001). "Behavior of restriction-modification systems as selfish mobile elements and their impact on genome evolution". Nucleic Acids Res. 29 (18): 3742–56. doi:10.1093/nar/29.18.3742. PMC 55917. PMID 11557807. 7. ^ Roberts RJ (April 2005). "How restriction enzymes became the workhorses of molecular biology". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102 (17): 5905–8. doi:10.1073/pnas.0500923102. PMC 1087929. PMID 15840723. http://www.pnas.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=15840723. 8. ^ Danna K, Nathans D (December 1971). "Specific cleavage of simian virus 40 DNA by restriction endonuclease of Hemophilus influenzae". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 68 (12): 2913–7. doi:10.1073/pnas.68.12.2913. PMC 389558. PMID 4332003. 9. ^ "The Nobel Prize in Physiology or Medicine". The Nobel Foundation. 1978. http://nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/1978/. Retrieved 2008-06-07. "for the discovery of restriction enzymes and their application to problems of molecular genetics" 10. ^ Villa-Komaroff L, Efstratiadis A, Broome S, Lomedico P, Tizard R, Naber SP, Chick WL, Gilbert W. (August 1978). "A bacterial clone synthesizing proinsulin". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 75 (8): 3727–31. doi:10.1073/pnas.75.8.3727. PMC 392859. PMID 358198. 11. ^ Roberts RJ, Vincze T, Posfai J, Macelis D. (2007). "REBASE--enzymes and genes for DNA restriction and modification". Nucleic Acids Res 35 (Database issue): D269–70. doi:10.1093/nar/gkl891. PMC 1899104. PMID 17202163. 12. ^ Primrose, Sandy B.; Old, R. W. (1994). Principles of gene manipulation: an introduction to genetic engineering. Oxford: Blackwell Scientific. ISBN 0-632-03712-1. 13. ^ Micklos, David A.; Bloom, Mark V.; Freyer, Greg A. (1996). Laboratory DNA science: an introduction to recombinant DNA techniques and methods of genome analysis. Menlo Park, Calif: Benjamin/Cummings Pub. Co. ISBN 0-8053-3040-2. 14. ^ Adrianne Massey; Helen Kreuzer (2001). Recombinant DNA and Biotechnology: A Guide for Students. Washington, D.C: ASM Press. ISBN 1-55581-176-0. 15. ^ a b c d e f g h i j Pingoud A, Jeltsch A (September 2001). "Structure and function of type II restriction endonucleases". Nucleic Acids Res. 29 (18): 3705–27. doi:10.1093/nar/29.18.3705. PMC 55916. PMID 11557805. 16. ^ Molecular Biology: Understanding the Genetic Revolution, by David P. Clark. Elsevier Academic Press, 2005. ISBN 0-12-175551-7. 17. ^ Goodsell DS (2002). "The molecular perspective: restriction endonucleases". Stem Cells 20 (2): 190–1. doi:10.1634/stemcells.20-2-190. PMID 11897876. http://stemcells.alphamedpress.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=11897876.[dead link] 18. ^ a b Bickle TA, Krüger DH (June 1993). "Biology of DNA restriction". Microbiol. Rev. 57 (2): 434–50. PMC 372918. PMID 8336674. http://mmbr.asm.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=8336674. 19. ^ Boyer HW (1971). "DNA restriction and modification mechanisms in bacteria". Annu. Rev. Microbiol. 25: 153–76. doi:10.1146/annurev.mi.25.100171.001101. PMID 4949033. 20. ^ Yuan R (1981). "Structure and mechanism of multifunctional restriction endonucleases". Annu. Rev. Biochem. 50: 285–319. doi:10.1146/annurev.bi.50.070181.001441. PMID 6267988. 21. ^ Rao DN, Sistla S (2004). "S-Adenosyl-L-methionine-dependent restriction enzymes". Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 39 (1): –. doi:10.1080/10409230490440532. PMID 15121719. 22. ^ Williams RJ (2003). "Restriction endonucleases: classification, properties, and applications". Mol. Biotechnol. 23 (3): –. PMID 12665693. 23. ^ a b Murray NE (June 2000). "Type I restriction systems: sophisticated molecular machines (a legacy of Bertani and Weigle)". Microbiol. Mol. Biol. Rev. 64 (2): 412–34. doi:10.1128/MMBR.64.2.412-434.2000. PMC 98998. PMID 10839821. http://mmbr.asm.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=10839821. 24. ^ PDB 1qps Gigorescu A, Morvath M, Wilkosz PA, Chandrasekhar K, Rosenberg JM (2004). "The integration of recognition and cleavage: X-ray structures of pre-transition state complex, post-reactive complex, and the DNA-free endonuclease". In Alfred M. Pingoud. Restriction Endonucleases (Nucleic Acids and Molecular Biology, Volume 14). Berlin: Springer. pp. 137–178. ISBN 3-540-20502-0. 25. ^ Dryden DT, Murray NE, Rao DN (September 2001). "Nucleoside triphosphate-dependent restriction enzymes". Nucleic Acids Res. 29 (18): 3728–41. doi:10.1093/nar/29.18.3728. PMC 55918. PMID 11557806. http://nar.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=11557806. 26. ^ Meisel A, Bickle TA, Krüger DH, Schroeder C (January 1992). "Type III restriction enzymes need two inversely oriented recognition sites for DNA cleavage". Nature 355 (6359): 467–9. doi:10.1038/355467a0. PMID 1734285. 27. ^ Kim YG, Cha J, Chandrasegaran S (February 1996). "Hybrid restriction enzymes: zinc finger fusions to Fok I cleavage domain". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93 (3): 1156–60. doi:10.1073/pnas.93.3.1156. PMC 40048. PMID 8577732. 28. ^ Urnov FD, Rebar EJ, Holmes MC, Zhang HS, Gregory PD (September 2010). "Genome editing with engineered zinc finger nucleases". Nat. Rev. Genet. 11 (9): 636–46. doi:10.1038/nrg2842. PMID 20717154. 29. ^ Townsend JA, Wright DA, Winfrey RJ, Fu F, Maeder ML, Joung JK, Voytas DF (May 2009). "High-frequency modification of plant genes using engineered zinc-finger nucleases". Nature 459 (7245): 442–5. doi:10.1038/nature07845. PMC 2743854. PMID 19404258. 30. ^ Shukla VK, Doyon Y, Miller JC, DeKelver RC, Moehle EA, Worden SE, Mitchell JC, Arnold NL, Gopalan S, Meng X, Choi VM, Rock JM, Wu YY, Katibah GE, Zhifang G, McCaskill D, Simpson MA, Blakeslee B, Greenwalt SA, Butler HJ, Hinkley SJ, Zhang L, Rebar EJ, Gregory PD, Urnov FD (May 2009). "Precise genome modification in the crop species Zea mays using zinc-finger nucleases". Nature 459 (7245): 437–41. doi:10.1038/nature07992. PMID 19404259. 31. ^ Ekker SC (2008). "Zinc finger-based knockout punches for zebrafish genes". Zebrafish 5 (2): 121–3. doi:10.1089/zeb.2008.9988. PMC 2849655. PMID 18554175. 32. ^ Geurts AM, Cost GJ, Freyvert Y, Zeitler B, Miller JC, Choi VM, Jenkins SS, Wood A, Cui X, Meng X, Vincent A, Lam S, Michalkiewicz M, Schilling R, Foeckler J, Kalloway S, Weiler H, Ménoret S, Anegon I, Davis GD, Zhang L, Rebar EJ, Gregory PD, Urnov FD, Jacob HJ, Buelow R (July 2009). "Knockout rats via embryo microinjection of zinc-finger nucleases". Science 325 (5939): 433. doi:10.1126/science.1172447. PMC 2831805. PMID 19628861. 33. ^ Tovkach A, Zeevi V, Tzfira T (October 2010). "Expression, purification and characterization of cloning-grade zinc finger nuclease". J Biotechnol 151 (1): 1–8. doi:10.1016/j.jbiotec.2010.10.071. PMID 21029755. 34. ^ Christian M, Cermak T, Doyle EL, Schmidt C, Zhang F, Hummel A, Bogdanove AJ, Voytas DF (October 2010). "Targeting DNA double-strand breaks with TAL effector nucleases". Genetics 186 (2): 757–61. doi:10.1534/genetics.110.120717. PMC 2942870. PMID 20660643. 35. ^ Li T, Huang S, Jiang WZ, Wright D, Spalding MH, Weeks DP, Yang B (August 2010). "TAL nucleases (TALNs): hybrid proteins composed of TAL effectors and FokI DNA-cleavage domain". Nucleic Acids Res 39 (1): 359–372. doi:10.1093/nar/gkq704. PMC 3017587. PMID 20699274. 36. ^ Smith HO, Nathans D (December 1973). "Letter: A suggested nomenclature for bacterial host modification and restriction systems and their enzymes". J. Mol. Biol. 81 (3): 419–23. doi:10.1016/0022-2836(73)90152-6. PMID 4588280. 37. ^ Roberts RJ, Belfort M, Bestor T, Bhagwat AS, Bickle TA, Bitinaite J, Blumenthal RM, Degtyarev SKh, Dryden DT, Dybvig K, Firman K, Gromova ES, Gumport RI, Halford SE, Hattman S, Heitman J, Hornby DP, Janulaitis A, Jeltsch A, Josephsen J, Kiss A, Klaenhammer TR, Kobayashi I, Kong H, Krüger DH, Lacks S, Marinus MG, Miyahara M, Morgan RD, Murray NE, Nagaraja V, Piekarowicz A, Pingoud A, Raleigh E, Rao DN, Reich N, Repin VE, Selker EU, Shaw PC, Stein DC, Stoddard BL, Szybalski W, Trautner TA, Van Etten JL, Vitor JM, Wilson GG, Xu SY (April 2003). "A nomenclature for restriction enzymes, DNA methyltransferases, homing endonucleases and their genes". Nucleic Acids Res. 31 (7): 1805–12. doi:10.1093/nar/gkg274. PMC 152790. PMID 12654995. 38. ^ Geerlof A. "Cloning using restriction enzymes". European Molecular Biology Laboratory - Hamburg. http://www.embl-hamburg.de/~geerlof/webPP/genetoprotein/cloning_strategy/clo_rest-enzymes.html. Retrieved 2008-06-07.[dead link] 39. ^ Russell, David W.; Sambrook, Joseph (2001). Molecular cloning: a laboratory manual. Cold Spring Harbor, N.Y: Cold Spring Harbor Laboratory. ISBN 0-87969-576-5. 40. ^ Wolff JN, Gemmell NJ (February 2008). "Combining allele-specific fluorescent probes and restriction assay in real-time PCR to achieve SNP scoring beyond allele ratios of 1:1000". BioTechniques 44 (2): 193–4, 196, 199. doi:10.2144/000112719. PMID 18330346. 41. ^ Zhang R, Zhu Z, Zhu H, Nguyen T, Yao F, Xia K, Liang D, Liu C (July 2005). "SNP Cutter: a comprehensive tool for SNP PCR-RFLP
